Советский и российский архитектор, градостроитель, крупный специалист и автор научных работ в области территориального планирования, градостроительного проектирования, управления развитием территорий и информационного обеспечения градостроительной деятельности,  разработчик методологических основ, методики и технологии регулирования градостроительной деятельности в современной России.

Почетный академик РААСН, член бюро и НТС отделения градостроительства РААСН, Почетный архитектор РФ. Главный научный сотрудникк ФГБУ ЦНИИП Минстроя России, научный руководитель института «Теринформ», председатель Научного Совета РААСН по проблемам территориального планирования и градостроительного проектирования, заместитель председателя подкомитета 9 «Градостроительство» Технического комитета 465 «Строительство» Росстандарта.

Награжден медалью «В память 850‑летия Москвы», золотой, серебряной и бронзовой медалями ВДНХ «За успехи в народном хозяйстве СССР», тремя медалями «За преданность содружеству Зодчих», малой золотой медалью РААСН «За работу, отмеченную в конкурсе на лучшие научные и творческие работы в области архитектуры, градостроительства и строительных наук 2001 года», серебряной медалью в конкурсе 2014 года, золотой медалью в конкурсе 2015 года.

Отмечен большим количеством почетных грамот, дипломов и благодарностей Минстроя РФ, РААСН, органов исполнительной власти республик, краев и областей СССР, субъектов РФ.

Трудовой стаж М.Я. Вильнера отсчитывается с 1943 года, в том числе более 50 лет он проработал в ЦНИИП градостроительства (ныне ФГБУ «ЦНИИП Минстроя России»).

Как строитель он прошел путь от рабочего до мастера; как архитектор — от чертежника до главного архитектора проекта; как градостроитель — от главного архитектора проекта до главного архитектора отделения института, руководителя научно-методического центра, заместителя директора института.

М.Я. Вильнер внес значимый вклад в развитие градостроительства и стратегического планирования развития территорий в Российской Федерации в качестве основателя системы информационного обеспечения градостроительной деятельности.

Является автором градостроительной части крупных национальных проектов СССР, нескольких десятков реализованных генеральных планов, проектов планировки и застройки городов и поселений, схем и проектов районной планировки и территориального планирования.

Выступал руководителем разработки ряда региональных схем расселения (РСР Дальнего Востока, с использованием математической модели – руководитель темы; РСР Севера и Центра – авторское участие; в Генеральной схеме расселения СССР – планировочная часть; в методических основах РСР Казахстана). В этих работах М.Я. Вильнер заложил основы представления о структуре расселения как базовой составляющей пространственного каркаса территории, определяемого им ее районирования и зонирования.

В качестве инициатора создания и методолога участвовал в формировании системы градостроительного кадастра (ГГК) и мониторинга, в создании и обеспечении ведения ГГК, а затем ФГИС ТП, с ориентацией на использование человеко-машинных технологий.

Активно участвовал в подготовке и конструктивном анализе проектов действующих федеральных, региональных и муниципальных правовых, нормативных и методических документов, закладывая основы учета объективных закономерностей взаимосвязей процессов, определяющих условия использования и обустройства территорий.

М.Я. Вильнер первым в России разработал комплексные схемы и проекты районной планировки на основанные на планирование пространственной организации обустройства территории. Первым в России организовал использование стереофотограмметрической аппаратуры для обмеров памятников архитектуры.

В течение многих лет входил в состав экспертных и координационных органов Минрегиона России, Государственной Думы Российской Федерации, ГИС-ассоциации, иных объединений, возглавлял Гильдию градостроителей. Участвовал в работе экспертных комиссий и рабочих групп Минэкономразвития России, экспертных групп Минстроя РФ и ФАУ ФЦС; член двух рабочих групп Минэкономразвития РФ (по ФГИСТП и по Стратегии пространственного развития России.

Автор более 320 научно-исследовательских работ, более 170 проектных работ и более 120 публикаций, в том числе монографии «Основы территориального планирования», сборников статей «Новый градостроительный кодекс с позиций профессионала», «Градостроительная политика в свете проблем управления территорией», «О градостроительной политике Российской Федерации». Монография «Методологические основы реформирования управления развитием территорий» опубликована в 2018 году, к 90-летию Марка Яковлевича Вильнера.